Doc. RNDr. Vladan Ondřej, Ph.D.

Osobní informace

Vzdělání a praxe

• 1994-1999 PřF UP Olomouc, učitelství pro střední školy, biologie-chemie
• 1999-2002 PřF UP Olomouc, doktorský studijní program Biologie, obor Botanika, téma: Embryo cultures of cultivated and wild species of genus Cucumis
• 2002-2003 výzkumný pracovník, Agritec, s.r.o.
• 2003-2007 vědecký pracovník, Biofyzikální ústav AV ČR
• 2008 vědecký pracovník, Katedra botaniky PřF UP Olomouc

Ostatní vzdělání a praxe

• 2002 kurz GMO, Ústav molekulární biologie rostlin AV ČR
• 2007 kurz a státní zkouška pro odbornou způsobilost pro práci s významnými zdroji ionizujícího záření, Státní úřad pro jadernou bezpečnost

Zahraniční pobyty

• 2000 Department of Plant Cytology and Embryology, Jagiellonian University in Cracow, Poland
• 2004-2005 Swammerdam Institute for Life Sciences, University of Amsterdam, prof. R. van Driel group

Výzkumný zájem

• Protoplastové kultury a embryogeneze rostlin
• Struktura a organizace genomu, architektura buněčného jádra, reparace DNA
• Fluorescenční a konfokální mikroskopie, analýza obrazových dat

Projekty

• Variability of components and interactions in plant pathosystem and impact of environmental factors on their expression (spolupracovník)
• Modification of histone in chromatin regions with increased and decreased gene expression (spoluřešitel)
• Embryo cultures of wild and cultivated species of genus Cucumis (řešitel)
• 3D Genome (EU project) (spolupracovník)
• Structure of human genome (spolupracovník)
• The use of combination of laser microbeam and cytometric techniques in the study of the structure and dynamics of human genome (spolupracovník)

Výuka a studijní materiál

• Obecná biologie

Publikace

• Ondřej, V. (2012):Genome integrity and organization in the context of radiobiology.[PDF]
• Ondřej, V. , Dvořák, P. (2012):Bioinformatics: a history of evolution in silico.[PDF]
• Hašler, P. , Dvořák, P., Ondřej, V. , Kitner, M. , Hloušková, P., Poulíčková, A. (2011): The importance of polyphasic approach in the comparative study on Nodularia MERTENS ex BORNET et FLAHAULT (Nostocales, Cyanobacteria). - Preslia 83: 167-182.
• Ondřej, V. , Havránek, P., Kitner, M. , Němcová, P.(2011): Molecular identification and characterization of the Morchellaceae germplasm collection of "mulch morels". – International Journal of Medicinal Mushrooms 13(4): 369-375. DOI: 10.1615/IntJMedMushr.v13.i4.70
• Navrátilová, B. , Skálová, D. , Ondřej, V. , Kitner, M. , Lebeda, A. (2011): Biotechnological Methods Utilized in Cucurbits Research - A Review. – Horticultural Science (Prague) 38: 150-158.
• Mazalová, P., Šarhanová, P. , Ondřej, V. , Poulíčková, A. (2011):Quantification of DNA content in freshwater microalgae using flow cytometry: a modified protocol for selected green microalgae.- Fottea 11: 317-328.
• Ondřej, V. , Navrátilová, B. , Protivánková I., Piterková J., Sedlářová, M. , Luhová L.,, Lebeda, A. (2010):Recondensation level of repetitive sequences in the plant protoplast nucleus is limited by oxidative stress. J Exp Bot
• Skalová, D. , Ondřej, V. , Doležalová, I. , Navrátilová, B. , Lebeda, A. (2010):Polyploidization facilitates biotechnological in vitro techniques in the genus Cucumis. Journal of Biomedicine and Biotechnology Volume 2010 (2010), Article ID 475432, Doi:10.1155/2010/475432
• Skalová, D. , Navrátilová, B. , Ondřej, V. , Lebeda, A. (2010):Optimizing culture for in vitro pollination and fertilization in Cucumis sativus and C. melo. Acta Biologica Cracoviensia Ser. Botanica 52/1: 111-115.
• Ondřej, V. , Navrátilová, B. , Protivánková I., Piterková J., Sedlářová M., Luhová L., Lebeda, A. (2010):Recondensation level of repetitive sequences in the plant protoplast nucleus is limited by oxidative stress. Journal of Experimental botany, Vol. 61, 9: 2395-2401.
• Ondřej, V. , Navrátilová, B. , Lebeda, A. (2009):Heterochromatin as a marker for protoplast differentiation of Cucumis sativus. Plant Cell Tiss Org . 96, 229-234.
• Ondřej, V. , Kitner, M. , Doležalová, I. , Nádvorník P.,, Navrátilová, B. , Lebeda, A. (2009):Chromatin structural rearrangement during dedifferentiation of protoplasts of Cucumis sativus L. Mol Cells 27, 443-447.
• Ondřej, V. , Kitner, M. , Doležalová, I. , Nádvorník, P., Navrátilová, B. , Lebeda, A. (2009): Chromatin structural rearrangement during dedifferentiation of protoplasts of Cucumis sativus L. – Molecules and Cells 27: 443-447.
• Ondřej, V. , Navrátilová, B. , Lebeda, A. (2009):The heterochromatin as a marker for protoplast differentiation of Cucumis sativus. Plant Cell Tiss. Organ Cult 96: 229-234.
• Ondřej, V. , Lukášová, E., Krejčí, J., Kozubek, S.(2008):Intranuclear trafficking of plasmid DNA is mediated by nuclear polymeric proteins lamins and actin. Acta Biochim. Pol.55(2), 307-315.
• Ondřej, V. , Lukášová, E., Krejčí, J., Matula, P., Kozubek, S.(2008):Lamin A/C and polymeric actin in genome organization. Mol Cells 26, 356-361.
• Goetze, S., Mateos-Langerak, J., Gierman, H. J., de Leeuw, W., Giromus, O., Indemans, M. H. G., Koster, J., Ondřej, V. , Versteeg, R., van Driel, R.(2007):The 3D structure of human interphase chromosome is related to the transcriptome map. Mol. Cell. Biol., 27, 4475-4487.
• Ondřej, V. , Lukášová, E., Falk, M., Kozubek, S.(2007):The role of actin and microtubule networks in plasmid DNA intracellular trafficking. Acta Biochim. Pol. 54(3), 657-663.
• Falk, M., Lukášová, E., Gabrielová, B., Ondřej, V. , Kozubek, S.(2007):Chromatin dynamics during DSB repair. BBA Mol. Cell Res. 1773, 1534-1545.
• Ondřej, V. , Kozubek, S., Lukášová, E., Falk, M., Matula, Pa., Matula, Pe., Kozubek, M.(2006):Directional motion of foreign plasmid DNA to nuclear HP1 foci. Chrom. Res. 14, 505-514.
• Švábová, L., Smýkal, P. , Griga, M., Ondřej, V. (2005):Agrobacterium-mediated transformation of Pisum sativum by in vitro and in vivo approach. Biologia Plantarum 49: 361-370.
• Švábová, L., Smýkal, P. , Griga, M., Ondřej, V. (2005):Agrobacterium-mediated transformation of Pisum sativum in vitro and in vivo. Biol. Plant. 49(3), 361-370.
• Lukášová, E., Kořistek, Z., Falk, M., Kozubek, S., Grigoryev, S., Kozubek, M., Ondřej, V. , Kroupová, I.(2005):Methylation of histones in myeloid leukemias as a potential marker of granulocyte abnormalities. J. Leuk. Biol., 77, 100-111.
• Ondřej, V. , Navrátilová, B. , Lebeda, A. (2002):In vitro cultivation of Cucumis sativus ovules after fertilization. Acta Hort. 588, 2002, 339-343.
• Ondřej, V. , Navrátilová, B. , Lebeda, A. (2002):In vitro cultivation of Cucumis sativus ovules after fertilization. Acta Hort. 588, 2002, 339-343.
• Ondřej, V. , Navrátilová, B. , Lebeda, A. (2002):Influence of GA3 on the zygotic embryogenesis of Cucumis species in vitro. Biologia (Bratislava) 57, 2002, 523-525.
• Ondřej, V. , Navrátilová, B. , Lebeda, A. (2000):Embryo cultures of wild and cultivated species of the genus Cucumis L. Acta Hort. 510, 409-414, 2000.

Výukové materiály

• Biotechnologie rostlin a GMO